在1974年嘉乐庇总督大桥落成前，渡轮服务是离岛居民出入、物资运输的唯一交通方式，码头是渡轮等船只泊岸、上落乘客和装卸货物的基础设施；氹仔码头是二十世纪中叶离岛建设的交通基建项目之一，是澳葡政府为完善离岛公共交通枢纽的重要建设。
早在十九世纪末往来澳、氹、路三地的小渡轮服务出现之前，氹仔岛排角沿岸已经有简单的横栈埠头，与周边地区船舶往来，但由於排角埠头附近海域淤积日益严重，渡轮只能停泊海中心，以小艇接驳，诸多不便，至二十世纪四十年代後，澳葡政府锐意发展离岛，推动炮竹等轻工业及旅游业在当地的发展，遂大力进行基础建设，包括修筑旧市区至炮台仔的公路、修建栈桥式新码头、水利设施等交通及其他市政建设项目。
1950年氹仔码头落成使用，同年澳、氹、路客轮服务实施专营，氹仔码头遂成为往来澳门至氹仔、氹仔至路环的渡海客轮停泊之处，码头历经公信轮船有限公司、澳氹路小轮船公司及澳门海岛市小轮船有限公司的渡轮停泊使用，至1968年路氹连贯公路及1974年嘉乐庇总督大桥先後落成通车後，渡轮服务日渐萎缩，在八十年代初客轮服务停止後，氹仔码头因而失去原来用途，因此後改作海关－海岛海关巡逻站之办公室至今。
氹仔码头为一座砖石混凝土混合的建筑物，建筑中轴对称，以柱式相间，左右两侧各设一室，建筑平面呈凸字型，凸出部分为柱廊上盖与栈桥相接，建筑物前後方立面皆绘有“PONTE DA TAIPA”，其女儿墙采用雉堞式排列的方尖形装饰，与澳门一号码头的风格特徵相似。