在1974年嘉樂庇總督大橋落成前，渡輪服務是離島居民出入、物資運輸的唯一交通方式，碼頭是渡輪等船隻泊岸、上落乘客和裝卸貨物的基礎設施；氹仔碼頭是二十世紀中葉離島建設的交通基建項目之一，是澳葡政府為完善離島公共交通樞紐的重要建設。
早在十九世紀末往來澳、氹、路三地的小渡輪服務出現之前，氹仔島排角沿岸已經有簡單的橫棧埠頭，與周邊地區船舶往來，但由於排角埠頭附近海域淤積日益嚴重，渡輪只能停泊海中心，以小艇接駁，諸多不便，至二十世紀四十年代後，澳葡政府銳意發展離島，推動炮竹等輕工業及旅遊業在當地的發展，遂大力進行基礎建設，包括修築舊市區至炮台仔的公路、修建棧橋式新碼頭、水利設施等交通及其他市政建設項目。
1950年氹仔碼頭落成使用，同年澳、氹、路客輪服務實施專營，氹仔碼頭遂成為往來澳門至氹仔、氹仔至路環的渡海客輪停泊之處，碼頭歷經公信輪船有限公司、澳氹路小輪船公司及澳門海島市小輪船有限公司的渡輪停泊使用，至1968年路氹連貫公路及1974年嘉樂庇總督大橋先後落成通車後，渡輪服務日漸萎縮，在八十年代初客輪服務停止後，氹仔碼頭因而失去原來用途，因此後改作海關－海島海關巡邏站之辦公室至今。
氹仔碼頭為一座磚石混凝土混合的建築物，建築中軸對稱，以柱式相間，左右兩側各設一室，建築平面呈凸字型，凸出部分為柱廊上蓋與棧橋相接，建築物前後方立面皆繪有“PONTE DA TAIPA”，其女兒牆採用雉堞式排列的方尖形裝飾，與澳門一號碼頭的風格特徵相似。