Ao lado da Fortaleza do Monte ergue-se a fachada da antiga Igreja da Madre de Deus, chamada pelos chineses de “Da San Ba Paifang” devido à sua semelhança com os tradicionais arcos chineses (Paifang). A primeira pedra da Igreja da Madre de Deus (também conhecida como Igreja de S. Paulo) foi lançada em 1602, e todo o projecto levou mais de 30 anos para ser concluído, sendo a fachada correspondente à última fase da construção. A igreja era afiliada ao Colégio de S. Paulo, tendo sido estabelecida originalmente pelos Jesuítas em 1594 foi mais tarde reconstruída após um incêndio que ocorreu em 1601. O Colégio era um grande complexo, todo murado, e incluía capela, salas de ensino, dormitórios, horta e outras instalações.
O Colégio de S. Paulo foi fundado para formar missionários com os conhecimentos e aptidões linguísticas necessários para implementarem missões de evangelização no Japão e na China e modelado no sistema e currículo das universidades europeias. A maioria dos professores era jesuíta e a maior parte dos alunos missionários eram europeus, mas também haviam seminaristas chineses e japoneses. O programa académico também incluía estudos em humanidades, ciências e artes, e a faculdade ensinava todas as disciplinas, desde conhecimentos elementares até teologia, notando que ali estudaram também missionários de renome, tais como Johann Adam Schall von Bell, Giulio Aleni e Wu Li. Após 160 anos, o Colégio de S. Paulo foi encerrado em 1762, na sequência da extinção da Companhia de Jesus pelo governo de Portugal, sendo o local mais tarde convertido em quartel. Em 1835, um grande incêndio destruiu a maior parte dos edifícios do Colégio de S. Paulo, restando apenas as fundações de algumas estruturas e a imponente fachada da antiga igreja. Em 1995, foram feitas descobertas arqueológicas a leste das Ruínas de S. Paulo, incluindo vestígios dos antigos pátios, corredores, sala de oração, canais de drenagem e parapeitos.
A partir de meados do século XVI, Macau tornou-se num importante ponto da Rota Marítima da Seda e, à medida que a rede das rotas marítimas transasiáticas se expandia, atraiu muitos missionários europeus, que vieram preparar o seu trabalho de evangelização na China. A criação do Colégio de S. Paulo demonstra o papel de Macau como uma base importante para a evangelização da China. A decoração esculpida em alto-relevo que se pode observar na fachada das Ruínas de S. Paulo, mostrando a Virgem Maria a guiar uma nau, apresenta testemunho sobre o próspero comércio marítimo de Macau na época. O Colégio de S. Paulo não foi apenas a primeira instituição de ensino superior de estilo ocidental na China, que tinha como objetivo formar missionários para trabalhos de evangelização no Japão e na China, mas também desempenhou um papel importante na promoção do intercâmbio cultural Oriente-Ocidente, além de ser um testemunho sobre o papel de Macau como centro comercial da Rota Marítima da Seda e uma base para intercâmbios culturais sino-ocidentais.
