圣保禄学院遗址大坑遗迹位於大炮台西北麓。2010至2012年间，经考古发掘，发现了一个人工开凿的大型基岩坑，其上部开口略呈圆形，深约9.9米，四壁较为规整，多处显见加工凿石痕迹；至2020-2021年，完成大坑遗迹的发掘清理工作。坑内出土了大量日常生活用器，如陶瓷器、铜铁器和建筑构件等。经研究分析，出土物的年代集中在明末清初时期，推敲大坑遗迹的建造年代不晚於明末清初，与圣保禄学院的运营时期（1594-1762年）一致，故推测大坑遗迹属於圣保禄学院内部的大型人工设施，在学院废弃後被逐渐回填。
自葡萄牙人入居澳门，他们便以澳门作为对外贸易的基地。明末清初时期澳门主要的海上贸易航线有三条，分别是：（一）里斯本—果阿—马六甲—澳门、（二）澳门—日本长崎、及（三）澳门—马尼拉。丝绸、瓷器、茶叶等中国商品自澳门远销世界各地。高园街大坑遗迹出土了大量年代集中於明万历至崇祯时期的克拉拉瓷，其产地主要为江西景德镇民窑；自20世纪90年代起，澳门已陆续於岗顶、草堆街、营地街等地采集到不少克拉克瓷片。克拉克瓷是指专门用於出口外销的青花瓷器，其纹饰风格独特，以连续开光图案为特徵，多绘花鸟虫鱼图案。
大量的克拉克瓷残片在圣保禄学院遗址大坑遗迹内出土，印证了昔日不少外销瓷由内地运往澳门，再由澳门销往海外，见证了澳门作为当时东西方海上丝绸之路重要中转港和贸易节点的地位，并提供了考古实证。
