聖保祿學院遺址大坑遺跡位於大炮台西北麓。2010至2012年間，經考古發掘，發現了一個人工開鑿的大型基岩坑，其上部開口略呈圓形，深約9.9米，四壁較為規整，多處顯見加工鑿石痕跡；至2020-2021年，完成大坑遺跡的發掘清理工作。坑內出土了大量日常生活用器，如陶瓷器、銅鐵器和建築構件等。經研究分析，出土物的年代集中在明末清初時期，推敲大坑遺跡的建造年代不晚於明末清初，與聖保祿學院的運營時期（1594-1762年）一致，故推測大坑遺跡屬於聖保祿學院內部的大型人工設施，在學院廢棄後被逐漸回填。

自葡萄牙人入居澳門，他們便以澳門作為對外貿易的基地。明末清初時期澳門主要的海上貿易航線有三條，分別是：（一）里斯本—果阿—馬六甲—澳門、（二）澳門—日本長崎、及（三）澳門—馬尼拉。絲綢、瓷器、茶葉等中國商品自澳門遠銷世界各地。高園街大坑遺跡出土了大量年代集中於明萬曆至崇禎時期的克拉拉瓷，其產地主要為江西景德鎮民窯；自20世紀90年代起，澳門已陸續於崗頂、草堆街、營地街等地採集到不少克拉克瓷片。克拉克瓷是指專門用於出口外銷的青花瓷器，其紋飾風格獨特，以連續開光圖案為特徵，多繪花鳥蟲魚圖案。

大量的克拉克瓷殘片在聖保祿學院遺址大坑遺跡內出土，印證了昔日不少外銷瓷由內地運往澳門，再由澳門銷往海外，見證了澳門作為當時東西方海上絲綢之路重要中轉港和貿易節點的地位，並提供了考古實證。