三圣庙（九澳）建於清光绪九年（1883年），根据历史资料推测，其前身是一座规模较细小的洪圣庙，洪圣庙大约建於清同治初年，到了光绪年间已经损坏，故於光绪九年（1883年）新修一座庙宇，并加祀谭公及关帝二神成为三圣庙。“洪圣”专称“南海洪圣大王”，又称洪圣爷，是中国南方沿海有名的海神，水上人家多有信奉，谭公信仰则来自惠州，除祖籍惠州的人士外，亦为渔民所信奉，而关帝信仰因关羽的忠义气节而受历代皇帝推崇和敕封，是华人社会的普及信仰。三圣庙分别於1908及1922年间进行过2次小规模的重修，主要是更换了门额及新绘制了庙内外的数幅灰塑。
三圣庙（九澳）为单开间两进式建筑，但中间没有天井，是传统中式庙宇建筑中较为罕见。建筑主要由门厅和正殿两座相连的硬山式建筑组成，入口前的门厅两侧各有一门洞，使门厅有如过廊般开敞。门厅和正殿的墙体均抹灰并重新划上砖线，整体主要以灰色为主。屋顶为传统双坡硬山式，瓦顶高度约为4米，建筑面宽约4.5米，深度约为8.5米。建筑整体装饰简约，除了入口处的门洞顶部有彩绘壁画外，在硬山屋顶的山墙上具有双层末端起翘的装饰线，并带有草尾点缀，为整座建筑添加了几分轻巧与别致。
往昔三圣庙（九澳）香火鼎盛，尤其每逢农历五月十三，即三圣庙贺诞日，上演神功戏或木偶戏，十分热闹。庙宇所在的九澳湾，其地因有三圣庙而被称为三圣湾，附近的九澳村是一座以客家族群为主的村落，大约形成於清乾隆年间。九澳村属於海岛型的聚落，村民主要从事渔业和农业生产，九澳村与同样位於路环的黑沙村是澳门目前仅余的两条客家村落，该庙宇作为村落的重要宗教场所，其供奉的谭公正是客家族群普遍信奉的神只，对研究本澳离岛传统村落族群有重要意义。