澳门大炮台侧屹立着一座大型石壁，这就是昔日天主之母教堂的立面，坊间称为“大三巴牌坊”。天主之母教堂附属於天主教耶稣会在澳门所创立的圣保禄学院，创建於1594年。学院昔日规模广袤，包括教堂、教学区、宿舍、菜园等设施，学院周围建有围墙。
圣保禄学院成立的目的是为了提供传教士前往日本和中国传教所需的教育和语言培训。学院参照了当时欧洲大学的规章及考试制度。所学课程，包括语言、神学、哲学、科学及艺术等。学生通过考试後，可以获得大学水平的学位。学院的教师大多是耶稣会士，学生主要是来华的传教士，也有中、日修生。这在中国境内具有开创性的意义，是首间采用这种教育体制的机构。
1762年，受到耶稣会在葡萄牙被取缔的事件波及，澳门圣保禄学院被迫关闭，後被改作兵营用途。1835年的大火烧毁了大部分的建筑，只留下天主之母教堂的前壁。1995年，位於大三巴牌坊东侧的学院遗迹被考古发现，出土了包括学院庭院、走廊、祈祷室、排水沟、护墙等遗迹，现已作展示。
圣保禄学院是由耶稣会创立的中国境内第一所西式高等教育机构，培训赴日本及中国等地的传教士，为促进东西文化交流发挥着积极、深远的作用。
