澳門大炮台側屹立著一座大型石壁，這就是昔日天主之母教堂的立面，坊間稱為“大三巴牌坊”。天主之母教堂附屬於天主教耶穌會在澳門所創立的聖保祿學院，創建於1594年。學院昔日規模廣袤，包括教堂、教學區、宿舍、菜園等設施，學院周圍建有圍牆。
聖保祿學院成立的目的是為了提供傳教士前往日本和中國傳教所需的教育和語言培訓。學院參照了當時歐洲大學的規章及考試制度。所學課程，包括語言、神學、哲學、科學及藝術等。學生通過考試後，可以獲得大學水平的學位。學院的教師大多是耶穌會士，學生主要是來華的傳教士，也有中、日修生。這在中國境內具有開創性的意義，是首間採用這種教育體制的機構。
1762年，受到耶穌會在葡萄牙被取締的事件波及，澳門聖保祿學院被迫關閉，後被改作兵營用途。1835年的大火燒毀了大部分的建築，只留下天主之母教堂的前壁。1995年，位於大三巴牌坊東側的學院遺跡被考古發現，出土了包括學院庭院、走廊、祈禱室、排水溝、護牆等遺跡，現已作展示。
聖保祿學院是由耶穌會創立的中國境內第一所西式高等教育機構，培訓赴日本及中國等地的傳教士，為促進東西文化交流發揮著積極、深遠的作用。
