天主之母教堂始建於1580年，先後毀於火災，於1602年開始重新修建，現在牌坊左側還存有當時的奠基石，其上刻有：「1602年澳門居民獻給童貞聖母」。整個建築工程於1637至1640年間才完全竣工；目前所見的教堂前壁就是最後落成的部分。在1835年，一場大火燒毀了聖保祿學院及其附屬的教堂，僅剩下教堂的正面前壁、大部分地基以及教堂前的石階。自此之後，這裏便成為世界聞名的聖保祿教堂遺址。本地人因教堂前壁形似中國傳統牌坊，將之稱為大三巴牌坊。