天主教藝術博物館位於墓室西側，館內的展品是澳門多間教堂和修院收藏的天主教藝術精品，包括詮釋聖方濟各事蹟的四幅油畫，以及耶穌受難像、聖像雕塑、禮拜器物等。其中最引人注目的是油畫《聖彌額爾大天神》。聖保祿學院1835年毀於一場大火，這幅油畫是該學院唯一留存至今的油畫藝術品。