最初教堂以木板搭建而成，到了17世紀，教堂改成磚石結構，到了19世紀上半葉又重新修葺，在1835年道明會被迫離澳，玫瑰聖母堂旁的修院建築的用途及特色因而逐漸轉變。經過歲月的洗禮，後來只剩下教堂及部分附屬建築物，教堂頂部的結構亦受到影響，木製唱詩台亦被白蟻蛀蝕，整座建築物處於岌岌可危的境地，並於1994年5月1日停止開放。在1996年，行政當局決定全面修葺教堂，包括鞏固結構及設置新電力系統，有關工程於1997年1月動工，1997年11月10日竣工。