三聖廟（九澳）建於清光緒九年（1883年），根據歷史資料推測，其前身是一座規模較細小的洪聖廟，洪聖廟大約建於清同治初年，到了光緒年間已經損壞，故於光緒九年（1883年）新修一座廟宇，並加祀譚公及關帝二神成為三聖廟。“洪聖”專稱“南海洪聖大王”，又稱洪聖爺，是中國南方沿海有名的海神，水上人家多有信奉，譚公信仰則來自惠州，除祖籍惠州的人士外，亦為漁民所信奉，而關帝信仰因關羽的忠義氣節而受歷代皇帝推崇和敕封，是華人社會的普及信仰。三聖廟分別於1908及1922年間進行過2次小規模的重修，主要是更換了門額及新繪製了廟內外的數幅灰塑。
三聖廟（九澳）為單開間兩進式建築，但中間沒有天井，是傳統中式廟宇建築中較為罕見。建築主要由門廳和正殿兩座相連的硬山式建築組成，入口前的門廳兩側各有一門洞，使門廳有如過廊般開敞。門廳和正殿的牆體均抹灰並重新劃上磚線，整體主要以灰色為主。屋頂為傳統雙坡硬山式，瓦頂高度約為4米，建築面寬約4.5米，深度約為8.5米。建築整體裝飾簡約，除了入口處的門洞頂部有彩繪壁畫外，在硬山屋頂的山牆上具有雙層末端起翹的裝飾線，並帶有草尾點綴，為整座建築添加了幾分輕巧與別緻。
往昔三聖廟（九澳）香火鼎盛，尤其每逢農曆五月十三，即三聖廟賀誕日，上演神功戲或木偶戲，十分熱鬧。廟宇所在的九澳灣，其地因有三聖廟而被稱為三聖灣，附近的九澳村是一座以客家族群為主的村落，大約形成於清乾隆年間。九澳村屬於海島型的聚落，村民主要從事漁業和農業生產，九澳村與同樣位於路環的黑沙村是澳門目前僅餘的兩條客家村落，該廟宇作為村落的重要宗教場所，其供奉的譚公正是客家族群普遍信奉的神祇，對研究本澳離島傳統村落族群有重要意義。